Römisch-katholische Kirche
Der Großteil der Lohrer Bevölkerung ist römisch-katholisch. Fast alle Pfarreien im Stadtgebiet gehören heute zur "Pfarreiengemeinschaft zwölf Apostel am Tor zum Spessart". Kindergärten in katholischer Trägerschaft sind St. Pius in der Lindigsiedlung und St. Franziskus in Wombach. Das Seniorenzentrum St. Martin im Herzen der Stadt führt die Caritas.
Evangelische Kirche
Protestanten haben in der Lohrer Kernstadt mit der Auferstehungskirche einen Anlaufpunkt. Auch in den beiden Kliniken befinden sich Orte der Andacht: die St. Elisabeth Kirche im Bezirkskrankenhaus und die Kapelle im Klinikum Main-Spessart.
Islamische Gemeinde
Für die Bürgerinnen und Bürger des islamischen Glaubens ist die Ulu-Moschee in der Partensteiner Straße geöffnet. Welche Funktionen Minbar, Mihrab, Minarett und Brunnen haben, erfahren Nicht-Muslime regelmäßig bei Führungen durch das Gebäude.